Η ποδοσφαιρική ομάδα του Α.Ο. Δάφνη Π. Φαλήρου ιδρύθηκε το 1946.
Το 1968 πραγματοποίησε την πρώτη της άνοδο στη Β’ Αθηνών.

Στα χρόνια της δικτατορίας εμφανίζεται σαν συνένωση των σωματείων “Τρίτωνας Π.Φ.” και “Σαρωνικός Π.Φ.”, τα οποία παίζουν στο πρωτάθλημα της Β’ Αθηνών με το καταστατικό της Δάφνης Π.Φ. και με το όνομα «Π.Α.Σ. Π. Φαλήρου». Το 1971 με προσωπικές ενέργειες παραγόντων (‘Άγγελος Χατζημωράκης, Χαράλαμπος Κολοκυθάς, Μάκης Φύτρος) δημιουργήθηκε ο ποδοσφαιρικός όμιλος με την επωνυμία «Δάφνη Εκάλης» και μετά από 2 χρόνια μεταφέρθηκε στο Παλαιό Φάληρο με την σημερινή του ονομασία.

Το 1972 με καινούριο καταστατικό, ιδρύθηκε ο Α.Ο. Δάφνη Π.Φαλήρου και Αγίας Βαρβάρας. Πρώτη σημαντική χρονική περίοδος της ομάδας είναι η 2ετία 1983-1985, οπότε κατάφερε να ανέβει διαδοχικά 2 κατηγορίες και να παίζει στην Α’ Αθηνών. Τα επόμενα χρόνια υποβιβάζεται στη Γ’ κατηγορία Αθηνών, μέχρι το 1996, οπότε επιστρέφει στη Β’ Αθηνών. Δεύτερη σημαντική χρονική περίοδος στην ιστορία της αποτελεί η διετία 2005-2007, κατά την οποία η ομάδα πάλι ανεβαίνει διαδοχικά 2 κατηγορίες και παίζει στην Α’ Αθηνών. Στην Α’ κατηγορία παραμένει μέχρι το 2013. Στη συνέχεια υποβιβάζεται στη Β’ Αθηνών, όπου και παραμένει για 2 έτη, μέχρι τη νέα άνοδο τη σεζόν 2015-16 και για δύο αγωνιστικές περιόδους.

Τη χρονιά 2017-18, η αντρική ομάδα του Συλλόγου, αγωνίστηκε στη Β’ Αθηνών και με 19 νίκες 6 ισοπαλίες και 5 ήττες ανέβηκε στην Α’ Αθηνών, όπου αγωνίζεται σήμερα.